Santuarios Nacionales: Son áreas donde se protege el hábitat de una especie o comunidad de flora y fauna, así como formaciones naturales de interés científico y paisajístico de importancia nacional. Los santuarios nacionales son áreas de uso indirecto, es decir, se permiten la investigación, la recreación y el turismo.
El establecimiento de un santuario está asociado a paisajes casi únicos del territorio nacional, como lo muestran los objetivos de la tabla a continuación.

Santuarios Nacionales | Ubicación | Objetivos |
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Huallay – 07/08/1974 | Pasco | Proteger las formaciones geológicas del bosque de piedras de Huallay, así como su flora y fauna nativas. |
Calipuy 08/01/1981 | La Libertad | Proteger un rodal denso de puya raimondi, que constituye un valioso potencial biótico. Es una de las plantas con mayor inflorescencia del mundo. |
Lagunas de Mejía 24/02/1984 | Arequipa | Conservar un refugio único en la región costera del país para las aves migratorias de otros continentes en su ruta migratoria Norte-Sur. |
Manglares de Tumbes 02/03/1988 | Tumbes | Proteger el bosque de manglar, único ecosistema representativo del norte peruano, que alberga una gran diversidad de invertebrados acuáticos de importancia económica. |
Tabaconas-Namballe. 20/05/1988 | Cajamarca | Conservar una muestra representativa del páramo. Proteger los bosques de neblina y las especies en vías de extinción como el oso de anteojos, tapir y bosques de Podocarpus. |
Ampay 23/07/1987 | Apurímac | Conservar con carácter de intangible un relicto de Intimpas (Podocarpus glom eratus), único en su género en el departamento de Apurímac. Proteger la cuenca hidrográfica del río Pachachac. |
Megantoni (Es el más extenso) 18/08/2004 | Cusco | Proteger las cabeceras de los principales afluentes del río Urubamba, las poblaciones de flora y fauna asociadas a los procesos evolutivos desarrollados desde la era pleistocénica y el pongo de Mainique, así como preservar la belleza paisajística y la riqueza cultural de la zona. |
Santuario Nacional Pampa Hermosa (26/03/2009) | Junín (Chanchamayo) | Es el hábitat del único bosque de cedro de altura que existe en el Perú, además del gallito de las rocas, osos de anteojos, heléchos y orquídeas. |